Die Herrschaft des Herzogs und frühen Förderers Heinrichs des Löwen endete 1181, als er geächtet wurde, weil er Kaiser Friedrich I. „Barbarossa“ (1122-1190) seine Gefolgschaft im Krieg verweigert hatte. Reihenweise fielen die Lehnsleute von Heinrich ab, nur seine Städte blieben dem Löwen bis zuletzt treu. Es sollte nicht lange dauern, bis das Heer des Kaisers vor den Toren Lübecks stand. Barbarossa gestattete den Lübeckern, Boten zum Herzog zu schicken und jener entband die Lübecker von ihren Treueschwüren. Daraufhin übergaben die Bürger ihre Stadt dem Kaiser, der im August 1181 feierlich in die Stadt einzog. Barbarossa belehnte die Stadt mit großen Vorrechten.
Im Zusammenhang der Eroberung Nordalbingiens (grob das moderne Schleswig-Holstein) durch die Dänen erzwang der dänische König die Stadtherrschaft: 1201 war der Dänenkönig Knut VI. (1162-1202) Lübecks neuer Stadtherr, ein Jahr später sein Bruder, Waldemar II. (1170-1241). 25 Jahre währte die für Lübeck durchaus vorteilhafte dänische Herrschaft: Das skandinavische Königreich begann ein Ostseeimperium zu errichten. Im Endeffekt befriedete Waldemar II. die Ostsee und bekämpfte das Seeräuberwesen, was die Handelswege sicherer machte. Für eine Stadt der Händler ein unschätzbarer Vorzug.
1223 wurde mit der Entführung des dänischen Königs durch den Grafen von Schwerin das Ende der dänischen Herrschaft über Nordalbingien eingeläutet. Nach mehreren Kämpfen kam es am 22. Juli 1227, dem Tag der Heiligen Maria Magdalena, zur entscheidenden Schlacht von Bornhöved, in der das dänische Heer von einer Koalition von norddeutschen Fürsten und Städten (darunter Lübeck) geschlagen wurde.
Waldemar II. verzichtete auf seine Ansprüche in Norddeutschland. Die Lübecker dankten der Heiligen des Tages der Schlacht, der heiligen Maria Magdalena, für ihren Beistand auf ihre Weise: Die dänische Burg in Lübeck wurde geschleift und auf den Resten ihr zu Ehren ein von Dominikanern geführtes Kloster errichtet - das Burgkloster, das eigentlich Maria Magdalenen Kloster heißt. Es ist in seinen Grundzügen bis heute erhalten geblieben.
Um sich gegenüber den benachbarten Landesherrn behaupten zu können, wandten sich die Lübecker an den Kaiser – und hatten Erfolg. Bereits 1226, also im Jahr vor der Schlacht bei Bornhöved, konnten sie von Barbarossas Enkel Friedrich II. (1194-1250) das Reichsfreiheitsprivileg erlangen. Nun waren sie niemandem anders als dem König/Kaiser untertan; Ansprüche von Grafen, Herzögen und Bischöfen war ein Riegel vorgeschoben worden. Lübeck war freie Reichsstadt geworden und sollte ihre Eigenstaatlichkeit auch über 700 Jahre bewahren – bis zur Eingliederung in die preußische Provinz Schleswig-Holstein 1937.
